CAST3M peut être utilisé en mode batch ou interactif. La session d'exécution est dans les deux cas mémorisée intégralement dans un fichier (fort.98) pouvant être édité puis soumis au programme CAST3M.
Il est possible de procéder en plusieurs étapes pour la mise au point d'un calcul : pour chaque étape, on effectue plusieurs passages successifs puis on transmet les données engendrées à l'étape suivante. Pour cela, il existe des opérateurs qui réalisent la sauvegarde de données sur fichier et leur récupération pour les exécutions suivantes (voir paragraphe 3.3.3 : L'environnement dans CAST3M).
Dans l'exécution de CAST3M, il faut utiliser au moins deux directives :